Los órganos de funcionamiento de COVIDE-AMVE son los siguientes:

La asamblea General es el órgano supremo de gobierno, integrada por los miembros asociados y los miembros honorarios. Se reúne una vez al año.
La Junta Directiva es el órgano que rige, administra y representa COVIDE-AMVE; está formada por el/la Presidente/a, Vicepresidente/a, Secretario/a, Tesorero/a y por no más de nueve vocales, de entre los miembros asociados. Se reúne tres veces al año.